Start dalšího raketoplánu Endeavour STS-113/ISS-11A s nosníkem ITS-P1 a posádkou Expedice 6 se uskutečnil 24.11.2002 v 00:49:47 UT. O necelé dva dny později (25.11.2002 ve 21:59 UT) se raketoplán připojil k ISS. V následujících dnech si obě dlouhodobé posádky předaly stanici (oficiálně 29.11.2002) a souběžně s tím byl ke stanici připojen (a během tří výstupu do kosmu oživen) levoboční nosník ITS-P1. Raketoplán s posádkou Expedice 5 se od ISS odpojil v pondělí 02.12.2002 a po několika odkladech přistál na KSC v sobotu 07.12.2002 v 19:37:12 UT. Členové Expedice 5 na ISS tedy v kosmu strávili 184 dní 22 hodin 14 minut.

Když Expedice 6 na ISS osaměla, pustila se do každodenní práce. Ta se skládala především z obsluhy experimentů, pravidelné údržby stanice a občasných oprav vzniklých poruch. Samozřejmě byly nutné i odpočinkové dny.

Z tohoto stereotypu vybočil jen plánovaný výstup do kosmu. Uskutečnili ho Bowersox a Pettit (který nahradil Budarina, u něhož byly nalezeny odchylky v srdeční činnosti, které neodpovídaly americkým standardům) ve středu 15.01.2003 přes modul Quest. Během 6 hodin a 51 minut trvajícího výstupu kosmonauti hlavně dokončili instalační práce na nosníku ITS-P1, uvolnili a dohlédli na vyklopení jednoho radiátoru na ITS-P1, zkontrolovali a vyčistili dolní stykovací uzel ACBM na modulu Unity.

V dalších dnech posádka pokračovala v experimentech a údržbě stanice.

Na začátku února 2003 byly na ISS dopraveny další zásoby. Nejprve se v sobotu 01.02.2003 v 16:02 UT od stanice oddělila stará nákladní loď Progress M1-9 (let ISS-9P) a ještě téhož dne byla navedena do hustých vrstev atmosféry, kde zanikla. O den později (02.02.2003 ve 12:59:40 UT) odstartovala z Bajkonuru nová automatickou nákladní loď Progress M-47 (let ISS-10P). Na palubě lodi byl standardní náklad pro ISS (kusový náklad, pohonné látky pro korekce dráhy stanice a kyslík pro obnovu atmosféry na stanici). V úterý 04.02.2003 ve 14:49 UT se Progress M-47 v automatickém režimu připojil k zadnímu stykovacímu uzlu (-X) ruského modulu Zvezda.

K vypuštění a připojení nákladní lodi Progress M-47 k ISS došlo i přesto, že již v sobotu 01.02.2003 došlo ke katastrofě při přistání raketoplánu Columbia STS-107, když se při sestupu atmosférou ve výšce cca 60 km rozpadl, shořel a celá posádka zahynula.

Lety raketoplánů byly až do vyšetření příčin katastrofy pozastaveny, což se samozřejmě projevilo i na provozu stanice ISS. V březnu 2003 bylo rozhodnuto, že stanice bude zatím udržována v nouzovém provozu pouze dvoučlennou posádkou, kterou na ISS dopraví Sojuz TMA-2. Místo třetího člena posádky bude umístěn dodatečný náklad. Posádka Expedice 6 se vrátí na Zemi v lodi Sojuz TMA-1.

Mezitím se Ken Bowersox a Don Pettit začali chystat k původně neplánovanému výstupu na povrch stanice. Důvodem vycházky je odstranění drobných závad, které se nahromadily na vnějších konstrukcích stanice. Ty sice neznamenají závažné problémy, ale v případě jejich zhoršování by si mohly vynutit podobnou opravářskou vycházku v blízké budoucnosti, kdy však budou na palubě stanice ISS jen dva kosmonauti. V případě potřeby vystoupit ven ze stanice by museli po dobu výstupu nechat celý družicový komplex bez dozoru, což by bylo riskantní.

Výstup by se uskutečnil v úterý 08.04.2003 a trval 6 hodin 26 minut.

Výstup byl zahájen ve 12:40 UT (14:40 SELČ) a v jeho náplni byla zejména rekonfigurace kabeláže na segmentech příhradové konstrukce ITS-S0, ITS-S1a ITS-P1 ke snížení pravděpodobnosti samovolného odpojení segmentů od sebe; inspekce nádrže na dusík NTA na segmentu ITS-P1 v souvislosti se selháním její temperace; výměna porouchaného dálkového spínače MT RPCM č. 3A mobilního transportéru MT; rekonfigurace kabeláže u silových setrvačníků CMG na příhradové konstrukci ITS-Z1 ke snížení pravděpodobnosti výpadku dodávky elektrického proudu k nim; instalace dodatečných objímek SPD na rychlospoje QD u výměníku tepla chlazení elektroniky laboratorního modulu Destiny; vyklopení nosníku pro osvětlovací reflektor na vozíku CETA Cart 1 a instalace tohoto svítidla a konečně přemístění nářadí a fotodokumentace vykonaných montážních prací. Výstup byl úspěšný, všechny plánované úkoly byly splněny.

Dne 26.04.2003 v 03:53:51 UT z Bajkonuru odstartovala transportní loď Sojuz TMA-2. Novou dvoučlennou posádku Expedice 7 tvoří ruský kosmonaut Jurij Malenčenko a americký kosmonaut Edward Lu.

Po dvou dnech sbližovacích manévrů se Sojuz TMA-2 připojil ke stanici (na dolní port modulu Zarja) v pondělí 28.04.2003 v 05:56 UT (07:56 SELČ).

Po necelém týdnu společného pobytu na stanici, během něhož si posádky předávaly systémy družicového komplexu, proběhlo v sobotu 03.05.2003 krátce po 18:00 UT slavnostní předání stanice a trojice původních obyvatel ISS se přesunula na palubu transportní lodi. Sojuz TMA-1 se odpoutal od stykovacího uzlu modulu Pirs ve 22:43 UT.

V neděli 04.05.2003 v 01:12 UT byla nad jižním Atlantikem proveden brzdicí manévr a v 02:04 UT (04:04 SELČ) Sojuz TMA-1 úspěšně přistál na území Kazachstánu. Kabina však dosedla asi 460 km od plánovaného místa, takže pátrací čety se na místo dostaly až v 06:38 UT (po více než 4 hodinách). Posádka Sojuzu už předtím sama v pořádku opustila kabinu.

Příčinu odchylky místa přistání zjišťovala speciální vyšetřovací komise. 14.05.2003 bylo oznámeno, že při sestupu došlo k závadě na jednom z řídicích systémů návratového modulu SA, následkem čehož loď přistála v režimu balistického sestupu, při němž je posádka vystavena vyššímu přetížení a přistání je kratší (než při aerodynamicky řízeném sestupu).